Fisher's exact toets - Revision history

M Wolvers: /* Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? */

2024-09-16T14:47:47Z

Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken?

← Older revision		Revision as of 16:47, 16 September 2024
Line 58:		Line 58:
	== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==		== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==

	Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben <cite>[freeman1951]</cite>. Je kunt [http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21479647 hier] meer lezen over het uitvoeren van de Fisher-Freeman-Halton exact toets ~~in SPSS 20~~.		Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben <cite>[freeman1951]</cite>. Je kunt [http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21479647 hier] meer lezen over het uitvoeren van de Fisher-Freeman-Halton exact toets.

	== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==		== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==

M Wolvers: /* Wanneer gebruik ik Fisher's exact test? */

2024-06-11T14:57:33Z

Wanneer gebruik ik Fisher's exact test?

← Older revision		Revision as of 16:57, 11 June 2024
Line 11:		Line 11:
	Voorbeeld van een klassieke 2x2 tabel:		Voorbeeld van een klassieke 2x2 tabel:

	~~<center>~~		:{\| border ="1" cellpadding="3" cellspacing="0"
	{\| border ="1~~" style=align="center~~" cellpadding="4" cellspacing="0"
	\|-		\|-
	\|align="left" \|		\|align="left" width="70"\|
	\|align="right"\|Cases		\|align="right" width="70"\|Cases
	\|align="right"\|Controls		\|align="right" width="70"\|Controls
	\|align="right"\|Totaal		\|align="right" width="70"\|Totaal
	\|-		\|-
	\|Mannen		\|Mannen
	\|align="right" \|0		\|align="right" style="background:#faecc8"\|0
	\|align="right" \|10		\|align="right" style="background:#faecc8"\|10
	\|align="right" \|10		\|align="right" \|10
	\|-		\|-
	\|Vrouwen		\|Vrouwen
	\|align="right" \|12		\|align="right" style="background:#faecc8"\|12
	\|align="right" \|2		\|align="right" style="background:#faecc8"\|2
	\|align="right" \|14		\|align="right" \|14
	\|-		\|-
Line 35:		Line 34:
	\|-		\|-
	\|}		\|}
	~~</center>~~

	== Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken? ==		== Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken? ==

M Wolvers: /* Waar vind ik Fisher's exact test in SPSS? */

2024-04-09T12:29:47Z

Waar vind ik Fisher's exact test in SPSS?

← Older revision		Revision as of 14:29, 9 April 2024
Line 56:		Line 56:
	== Waar vind ik Fisher's exact test in SPSS?==		== Waar vind ik Fisher's exact test in SPSS?==

	Je vindt de test in SPSS 16 onder Analyse->Descriptive Statistics->Crosstabs. Vink onder de knop "Statistics..." Chi-square aan. Wanneer er voor beide opgegeven variabelen slechts 2 categorieën zijn (en het dus gaat om een 2x2 tabel), krijg je naast de Chi-kwadraat toets automatisch ook Fisher's exact test in de output. Bij een (grotere) m x n tabel moet er onder het kopje Exact... aanvullend gevraagd worden om een Monte Carlo of Exact berekening.		Je vindt de test in SPSS 28 onder Analyse->Descriptive Statistics->Crosstabs. Vink onder de knop "Statistics..." Chi-square aan. Wanneer er voor beide opgegeven variabelen slechts 2 categorieën zijn (en het dus gaat om een 2x2 tabel), krijg je naast de Chi-kwadraat toets automatisch ook Fisher's exact test in de output. Bij een (grotere) m x n tabel moet er onder het kopje Exact... aanvullend gevraagd worden om een Monte Carlo of Exact berekening.

	== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==		== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==

M Wolvers: /* Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken? */

2024-04-09T12:28:21Z

Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken?

← Older revision		Revision as of 14:28, 9 April 2024
Line 39:		Line 39:
	== Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken? ==		== Moet ik Chi-kwadraat of Fisher's exact toetsen gebruiken? ==

	''Voor mijn onderzoek heb ik een aantal uitkomsten geanalyseerd met X2-testen. Het is niet een heel grote studie (75 ~~patienten~~), dus de aantallen ~~patienten~~ met de symptomen waar het om gaat zijn soms klein. In principe heb ik X2-testen gebruikt, alleen in het geval van een "expected count" van minder dan 5 in 20% of meer van de cellen in de tabel heb ik een Fisher's exact test gedaan. Nu doen we deze studie samen met een sponsor en zij hebben ook statistische analyses gedaan. Ik kreeg net de resultaten en zij blijken voor alle uitkomsten Fisher's exact testen gedaan te hebben (ipv X2). Dit is nogal jammer want een aantal statistisch significante uitkomsten die ik vond met de X2-testen (en die allemaal in dezelfde richting wezen dus leken te kloppen) zijn nu net niet significant meer (tenminste niet als je de uitkomsten van de two-tailed Fisher neemt, zoals de sponsor heeft gedaan). Wat is jullie mening hierover?		''Voor mijn onderzoek heb ik een aantal uitkomsten geanalyseerd met Chi-kwadraat (X<sup>2</sup>)-testen. Het is niet een heel grote studie (75 patiënten), dus de aantallen patiënten met de symptomen waar het om gaat zijn soms klein. In principe heb ik X<sup>2</sup>-testen gebruikt, alleen in het geval van een "expected count" van minder dan 5 in 20% of meer van de cellen in de tabel heb ik een Fisher's exact test gedaan. Nu doen we deze studie samen met een sponsor en zij hebben ook statistische analyses gedaan. Ik kreeg net de resultaten en zij blijken voor alle uitkomsten Fisher's exact testen gedaan te hebben (ipv X<sup>2</sup>). Dit is nogal jammer want een aantal statistisch significante uitkomsten die ik vond met de X<sup>2</sup>-testen (en die allemaal in dezelfde richting wezen dus leken te kloppen) zijn nu net niet significant meer (tenminste niet als je de uitkomsten van de two-tailed Fisher neemt, zoals de sponsor heeft gedaan). Wat is jullie mening hierover?

	De sponsor heeft een punt: Fisher's exact toets is nauwkeuriger dan de X2 toets en kan tegenwoordig even gemakkelijk uitgerekend worden. In het algemeen: de uitkomst/interpretatie van je studie zou niet moeten hangen om een p-waarde van 0.04 of 0.06, er zijn veel belangrijkere punten te maken dan het wel of niet onder de 0.05 uitkomen van een p-waarde.		De sponsor heeft een punt: Fisher's exact-toets is nauwkeuriger dan de X<sup>2</sup>-toets en kan tegenwoordig even gemakkelijk uitgerekend worden. In het algemeen: de uitkomst/interpretatie van je studie zou niet moeten hangen om een p-waarde van 0.04 of 0.06, er zijn veel belangrijkere punten te maken dan het wel of niet onder de 0.05 uitkomen van een p-waarde.

	== Ik heb in mijn controlearm 0 events, kan ik het verschil tussen beide armen nog wel toetsen? ==		== Ik heb in mijn controlearm 0 events, kan ik het verschil tussen beide armen nog wel toetsen? ==

Rebecca Holman: /* */

2016-05-06T14:06:37Z

← Older revision		Revision as of 16:06, 6 May 2016
Line 77:		Line 77:
	Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen wiskundige definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.		Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen wiskundige definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.

	== ==		== Kan ik Fisher's exact toets ook bij grotere steekproeven gebruiken? ==

	''Onlangs las ik dat er geen bezwaar is om de Fisher's exact test altijd te gebruiken bij het analyseren van een 2 bij 2 tabel. Dit is nieuw voor mij, aangezien ik bij eerdere statistiek cursussen geleerd heb dat de Fisher's exact test alleen gebruikt wordt bij lage getallen in de 2 bij 2 tabel, en dat bij grotere samples de chi-kwadraat test de voorkeur geniet.''		''Onlangs las ik dat er geen bezwaar is om de Fisher's exact test altijd te gebruiken bij het analyseren van een 2 bij 2 tabel. Dit is nieuw voor mij, aangezien ik bij eerdere statistiek cursussen geleerd heb dat de Fisher's exact test alleen gebruikt wordt bij lage getallen in de 2 bij 2 tabel, en dat bij grotere samples de chi-kwadraat test de voorkeur geniet.''

			Fisher’s exact test is – zoals de naam zeg – een exacte toets. De p-waarde die je hieruit krijgt wordt exact berekend. In de tijd dat deze toets is ontwikkeld (1922 was de eerste publicatie hierover) bestonden computers niet en deze berekeningen namen veel tijd in beslag omdat ze handmatig (letterlijk met potlood en papier) moesten plaatsvinden. Daarom waren resultaten over benaderingen hiervan (zoals de Chi-kwadraat test) van belang. De Chi-kwadraat test is makkelijker te berekenen. De chi-squared-test is echter alleen onder bepaalde omstandigheden een goede benadering van de exacte test. Maar ook als de benadering goed is, blijft het een benadering. Tot 10 tot 15 jaar geleden vroeg het berekenen van Fisher's exact test nog erg veel van de computers van destijds. Maar met de computers van nu is het geen probleem om exacte p-waardes te berekenen, ook voor vrij grote steekproeven. Er is dus nu minder bezwaar om deze waardes gewoon te berekenen, tenzij je meer dan een paar duizend regels in je dataset hebt.
	Fisher’s exact test is – zoals de naam zeg – een exacte toets. De p-waarde die je hieruit krijgt wordt exact berekend. In de tijd dat deze toets is ontwikkeld (1922 was de eerste publicatie hierover) bestonden computers niet en deze berekeningen namen veel tijd in beslag omdat ze handmatig (letterlijk met potlood en papier) moesten plaatsvinden. Daarom waren resultaten over benaderingen hiervan (zoals de Chi-kwadraat test) van belang. De Chi-kwadraat test is makkelijker te berekenen. De chi-squared-test is echter alleen onder bepaalde omstandigheden een goede benadering van de exacte test. Maar ook als de benadering goed is, blijft het een benadering.

	Tot 10 tot 15 jaar geleden vroeg het berekenen van Fisher's exact test nog erg veel van de computers van destijds. Maar met de computers van nu is het geen probleem om exacte p-waardes te berekenen, ook voor vrij grote steekproeven. Er is dus nu minder bezwaar om deze waardes gewoon te berekenen, tenzij je meer dan een paar duizend regels in je dataset hebt.


	== Referenties ==		== Referenties ==

Rebecca Holman at 14:05, 6 May 2016

2016-05-06T14:05:29Z

← Older revision		Revision as of 16:05, 6 May 2016
Line 76:		Line 76:

	Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen wiskundige definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.		Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen wiskundige definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.

			== ==

			''Onlangs las ik dat er geen bezwaar is om de Fisher's exact test altijd te gebruiken bij het analyseren van een 2 bij 2 tabel. Dit is nieuw voor mij, aangezien ik bij eerdere statistiek cursussen geleerd heb dat de Fisher's exact test alleen gebruikt wordt bij lage getallen in de 2 bij 2 tabel, en dat bij grotere samples de chi-kwadraat test de voorkeur geniet.''


			Fisher’s exact test is – zoals de naam zeg – een exacte toets. De p-waarde die je hieruit krijgt wordt exact berekend. In de tijd dat deze toets is ontwikkeld (1922 was de eerste publicatie hierover) bestonden computers niet en deze berekeningen namen veel tijd in beslag omdat ze handmatig (letterlijk met potlood en papier) moesten plaatsvinden. Daarom waren resultaten over benaderingen hiervan (zoals de Chi-kwadraat test) van belang. De Chi-kwadraat test is makkelijker te berekenen. De chi-squared-test is echter alleen onder bepaalde omstandigheden een goede benadering van de exacte test. Maar ook als de benadering goed is, blijft het een benadering.

			Tot 10 tot 15 jaar geleden vroeg het berekenen van Fisher's exact test nog erg veel van de computers van destijds. Maar met de computers van nu is het geen probleem om exacte p-waardes te berekenen, ook voor vrij grote steekproeven. Er is dus nu minder bezwaar om deze waardes gewoon te berekenen, tenzij je meer dan een paar duizend regels in je dataset hebt.


	== Referenties ==		== Referenties ==

Rebecca Holman: /* Moet ik een tweezijdig p-waarde of twee keer de eenzijdig p-waarde vermelden? */

2015-07-03T14:01:22Z

Moet ik een tweezijdig p-waarde of twee keer de eenzijdig p-waarde vermelden?

← Older revision		Revision as of 16:01, 3 July 2015
Line 75:		Line 75:
	''Een reviewer van mijn manuscript schrijft dat ik de tweezijdig p-waarde beter niet kan rapporteren. Hij schrijft dat ik in plaats hiervan twee keer de eenzijdig p-waarde zou moeten rapporteren. Wat kan ik het beste gebruiken?		''Een reviewer van mijn manuscript schrijft dat ik de tweezijdig p-waarde beter niet kan rapporteren. Hij schrijft dat ik in plaats hiervan twee keer de eenzijdig p-waarde zou moeten rapporteren. Wat kan ik het beste gebruiken?

	Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen ~~bepaalde~~ definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.		Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen wiskundige definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.



	== Referenties ==		== Referenties ==

Rebecca Holman: Referenties toevoegen

2015-07-03T13:59:59Z

Referenties toevoegen

← Older revision		Revision as of 15:59, 3 July 2015
Line 60:		Line 60:
	== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==		== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==

	Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben. Je kunt [http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21479647 hier] meer lezen over het uitvoeren van de Fisher-Freeman-Halton exact toets in SPSS 20.		Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben <cite>[freeman1951]</cite>. Je kunt [http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21479647 hier] meer lezen over het uitvoeren van de Fisher-Freeman-Halton exact toets in SPSS 20.

	== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==		== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==
Line 70:		Line 70:

	In sommige calculators (oa op [http://www.openepi.com www.openepi.com]) wordt de 2-zijdige p-waarde van de Fisher exact test benaderd door 2 maal de eenzijdige p-waarde te berekenen. Dit is een te grove benadering, de Fisher exact test statistic heeft in het algemeen geen symmetrische sampling distributie. Dat betekent dat de kans op de geobserveerde 2x2 tabel of tabellen met een extremer verschil in proporties niet gelijk hoeft te zijn een vergelijkbare tabellen waarbij het verschil de andere kant op valt. De asymetrie treedt vooral op bij lage tellingen. SPSS maakt wel de juiste (asymetrische) 2-zijdige p-waarde.		In sommige calculators (oa op [http://www.openepi.com www.openepi.com]) wordt de 2-zijdige p-waarde van de Fisher exact test benaderd door 2 maal de eenzijdige p-waarde te berekenen. Dit is een te grove benadering, de Fisher exact test statistic heeft in het algemeen geen symmetrische sampling distributie. Dat betekent dat de kans op de geobserveerde 2x2 tabel of tabellen met een extremer verschil in proporties niet gelijk hoeft te zijn een vergelijkbare tabellen waarbij het verschil de andere kant op valt. De asymetrie treedt vooral op bij lage tellingen. SPSS maakt wel de juiste (asymetrische) 2-zijdige p-waarde.

			== Moet ik een tweezijdig p-waarde of twee keer de eenzijdig p-waarde vermelden? ==

			''Een reviewer van mijn manuscript schrijft dat ik de tweezijdig p-waarde beter niet kan rapporteren. Hij schrijft dat ik in plaats hiervan twee keer de eenzijdig p-waarde zou moeten rapporteren. Wat kan ik het beste gebruiken?

			Het lijkt alsof de reviwer naar de “centraal” Fisher's exact toets verwijst <cite>[fay2010]</cite>. Men definieert de p-waarde hiervan als twee keer de kleinste van de eenzijdige p-waardes, met een met een maximum van 1. Deze manier om de p-waarde te berekenen vormt een manier om inconsistenties tussen bepaalde definities voor exacte betrouwbaarheidsintervallen en p-waardes op te lossen. Je kunt overwegen om de p-waardes op deze manier te berekenen en een referentie naar het artikel in je manuscript op te nemen.



	== Referenties ==		== Referenties ==
			<biblio>
			#fay2010 Fay MP. Confidence intervals that match Fisher's exact or Blaker's exact tests. Biostatistics. 2010 Apr;11(2):373-4. [http://dx.doi.org/10.1093/biostatistics/kxp050 DOI 10.1093/biostatistics/kxp050]
			#freeman1951 Freeman GH, Halton TR. Note on exact treatment of contingency, goodness-of-fit and other problems of significance. Biometrika. 1951; 38: 141-149. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14848119 Pubmed]
			</biblio>

	* Agresti A (1990) Categorical Data Analysis. John Wiley & sons, New York.		* Agresti A (1990) Categorical Data Analysis. John Wiley & sons, New York.
	* Freeman, G.H., & Halton, T.R. (1951). Note on exact treatment of contingency, goodness-of-fit and other problems of significance. Biometrika, 38, 141-149.
	* Mehta, C. R.& Patel, N. R. 1997. Exact inference in categorical data. Biometrics, 53(1), 112-117.		* Mehta, C. R.& Patel, N. R. 1997. Exact inference in categorical data. Biometrics, 53(1), 112-117.

	{{onderschrift}}		{{onderschrift}}

Rebecca Holman: /* Wanneer gebruik ik Fisher's exact test? */ Opmaak tabel aangepast

2015-07-03T13:27:45Z

Wanneer gebruik ik Fisher's exact test?: Opmaak tabel aangepast

← Older revision		Revision as of 15:27, 3 July 2015
Line 12:		Line 12:

	<center>		<center>
	~~<table>~~		{\| border ="1" style=align="center" cellpadding="4" cellspacing="0"
	~~<tr><td></td><td>cases</td><td>controls</td><td>totals</td></tr>~~		\|-
	~~<tr><td>men</td><td>~~0~~</td><td>~~10~~</td><td>~~10~~</td></tr>~~		\|align="left" \|
	~~<tr><td>woman</td><td>~~12~~</td><td>~~2~~</td><td>~~14~~</td></tr>~~		\|align="right"\|Cases
	~~<tr><td>totals</td><td>~~12~~</td><td>~~12~~</td><td>~~24~~</td></tr>~~		\|align="right"\|Controls
	~~</table>~~		\|align="right"\|Totaal
			\|-
			\|Mannen
			\|align="right" \|0
			\|align="right" \|10
			\|align="right" \|10
			\|-
			\|Vrouwen
			\|align="right" \|12
			\|align="right" \|2
			\|align="right" \|14
			\|-
			\|Totaal
			\|align="right" \| 12
			\|align="right" \| 12
			\|align="right" \| 24
			\|-
			\|}
	</center>		</center>

Nan van Geloven at 07:11, 3 July 2014

2014-07-03T07:11:43Z

← Older revision		Revision as of 09:11, 3 July 2014
Line 40:		Line 40:

	Je vindt de test in SPSS 16 onder Analyse->Descriptive Statistics->Crosstabs. Vink onder de knop "Statistics..." Chi-square aan. Wanneer er voor beide opgegeven variabelen slechts 2 categorieën zijn (en het dus gaat om een 2x2 tabel), krijg je naast de Chi-kwadraat toets automatisch ook Fisher's exact test in de output. Bij een (grotere) m x n tabel moet er onder het kopje Exact... aanvullend gevraagd worden om een Monte Carlo of Exact berekening.		Je vindt de test in SPSS 16 onder Analyse->Descriptive Statistics->Crosstabs. Vink onder de knop "Statistics..." Chi-square aan. Wanneer er voor beide opgegeven variabelen slechts 2 categorieën zijn (en het dus gaat om een 2x2 tabel), krijg je naast de Chi-kwadraat toets automatisch ook Fisher's exact test in de output. Bij een (grotere) m x n tabel moet er onder het kopje Exact... aanvullend gevraagd worden om een Monte Carlo of Exact berekening.

			== Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook Fisher's exact toets gebruiken? ==

			Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben. Je kunt [http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21479647 hier] meer lezen over het uitvoeren van de Fisher-Freeman-Halton exact toets in SPSS 20.

	== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==		== Ik krijg iedere keer een andere p-waarde uit mijn Fisher exact toets, hoe kan dat?==
Line 46:		Line 50:
	Voor het berekenen van de Fisher exact test bij een tabel groter dan 2x2 kun je in SPSS kiezen uit 2 berekenmethoden. Een is de 'exacte', omdat deze lang kan duren kun je aangeven hoelang je max wilt dat er gerekend wordt. De tweede is een 'monte carlo' simulatie. Hierbij wordt er gebruik gemaakt van simulatie. Bij simulatie kan er bij iedere run net op basis van toeval een andere set gesimuleerd worden en kun je dus bij iedere run een ander antwoord krijgen. Dat verklaart waarschijnlijk jouw observatie. Je zou de analyse eens met de instelling 'exact' kunnen draaien. Let overigens op dat bij grote tabellen met lage frequenties er wellicht weinig power is om verschillen te vinden. Het samenvoegen van categorien is soms nodig om meer krachtige vergelijkingen te doen.		Voor het berekenen van de Fisher exact test bij een tabel groter dan 2x2 kun je in SPSS kiezen uit 2 berekenmethoden. Een is de 'exacte', omdat deze lang kan duren kun je aangeven hoelang je max wilt dat er gerekend wordt. De tweede is een 'monte carlo' simulatie. Hierbij wordt er gebruik gemaakt van simulatie. Bij simulatie kan er bij iedere run net op basis van toeval een andere set gesimuleerd worden en kun je dus bij iedere run een ander antwoord krijgen. Dat verklaart waarschijnlijk jouw observatie. Je zou de analyse eens met de instelling 'exact' kunnen draaien. Let overigens op dat bij grote tabellen met lage frequenties er wellicht weinig power is om verschillen te vinden. Het samenvoegen van categorien is soms nodig om meer krachtige vergelijkingen te doen.

	== ~~Ik heb meer dan twee categorieën. Kan ik dan ook~~ Fisher's exact ~~toets gebruiken~~? ==		== Mijn calculator geeft een andere 2-zijdige p-waarde uit de Fisher exact test dan SPSS, hoe kan dat? ==

	~~Strikt genomen, nee. Maar de Fisher-Freeman-Halton exact toets is een uitbreiding van Fisher's exact toets naar de situatie waarin een of beide variabelen meer dan twee categorieën hebben. Je kunt~~ [http://www~~-01~~.~~ibm~~.com~~/support/docview~~.~~wss?uid=swg21479647 hier~~] ~~meer lezen over het uitvoeren~~ van de Fisher-~~Freeman-Halton~~ exact ~~toets~~ in SPSS 20.		In sommige calculators (oa op [http://www.openepi.com www.openepi.com]) wordt de 2-zijdige p-waarde van de Fisher exact test benaderd door 2 maal de eenzijdige p-waarde te berekenen. Dit is een te grove benadering, de Fisher exact test statistic heeft in het algemeen geen symmetrische sampling distributie. Dat betekent dat de kans op de geobserveerde 2x2 tabel of tabellen met een extremer verschil in proporties niet gelijk hoeft te zijn een vergelijkbare tabellen waarbij het verschil de andere kant op valt. De asymetrie treedt vooral op bij lage tellingen. SPSS maakt wel de juiste (asymetrische) 2-zijdige p-waarde.

	== Referenties ==		== Referenties ==